Медведев, конечно, не мог сам уволить Якунина.
Даже когда считался президентом, он не имел возможности самостоятельно выгонять персон куда менее значимых и заметно более отдалённых от старшего партнёра по тандему, чем глава РЖД. Без визы Путина такие решения, которые иногда президент формально всё же принимал, просто не выполнялись.
Сегодня вопрос только в том, почему Путин вдруг всё переиграл и, несмотря на очевидные имиджевые потери из-за неизбежного цирка с "хакерами", согласился оставить Якунина в должности.